Audit Mutu Internal (AMI) merupakan bagian dari siklus penjaminan mutu Universitas Airlangga yang berjalan secara berkesinambungan. AMI bertujuan untuk peningkatan mutu secara internal khususnya manajemen pendidikan, yang diarahkan pada pencapaian kualitas pendidikan tinggi secara berkelanjutan (continuous quality improvement). Audit yang dilaksanakan setiap tahun ini terbagi dalam tiga kelompok yaitu audit unit kerja, audit fakultas (termasuk Sekolah Pascasarjana) yang keduanya dilaksanakan oleh Badan Penjaminan Mutu, serta audit program studi yang dilaksanakan bersama SPM.